ગુજરાત યુનિવર્સિટીના પૂર્વ કુલપતિ નિરજા ગુપ્તાએ સત્તાનો દુરુપયોગ કરી યુનિવર્સિટીના નાણાંની રેલમછેલ બોલાવી હોવાનો વધુ એક કિસ્સો ચર્ચામાં આવ્યો છે. રાજ્ય સરકારની સ્પષ્ટ મનાઈ હોવા છતાં નિરજા ગુપ્તાએ વિદેશ પ્રવાસનો ખર્ચ યુનિવર્સિટીની તિજોરીમાં પાડયો હોવાના દસ્તાવેજો સોશિયલ મીડિયામાં વાયરલ થયા છે. કુલપતિને અમેરિકા જવા માટેની મંજૂરી આપતા શિક્ષણ વિભાગના પત્રમાં સ્પષ્ટ ઉલ્લેખ હતો કે, તમામ ખર્ચ પોતે જ ઉઠાવવાનો રહેશે. તેમ છતાં નિયમો નેવે મૂકી યુનિવર્સિટીની સેક્શન-8 હેઠળની કંપનીમાંથી ખાનગી ટ્રાવેલ્સ એજન્સીને એડવાન્સમાં રૂ. 5 લાખ કરતાં વધુ રકમ ટ્રાન્સફર કરવામાં આવી હોવાનો આક્ષેપ થયો છે.
ગુજરાત યુનિવર્સિટીના તત્કાલીન કુલપતિ નિરજા ગુપ્તાએ સરકારની મંજૂરી મેળવતી વખતે શરતોનું પાલન કરવાનું વચન આપ્યું હતું, પરંતુ વાસ્તવિકતામાં તેનાથી તદ્દન વિપરીત પગલાં ભરવામાં આવ્યા હતા. સરકારે પોતાના આદેશમાં સ્પષ્ટપણે ફરમાન કર્યું હતું કે વિદેશ પ્રવાસનો કોઈપણ પ્રકારનો નાણાકીય ખર્ચ સરકારી કે યુનિવર્સિટીની તિજોરીમાંથી ભોગવવામાં આવશે નહીં. આમ છતાં, સંબંધિત પદાધિકારીએ નિયમોને બાજુ પર મૂકીને સરકારી તિજોરીમાંથી નાણાં કઢાવવાનો કારસો રચ્યો હોવાનું બહાર આવ્યું છે. આ સમગ્ર પ્રકરણમાં યુનિવર્સિટી હસ્તકની સેક્શન 8 હેઠળ કાર્યરત કંપની ગુજરાત યુનિવર્સિટી પાર્ક ફોર ઇન્ડસ્ટ્રિયલ એક્સટેન્શન એન્ડ રિસર્ચ (GU-PIER)નો આશરો લેવામાં આવ્યો હોવાનું ખૂલ્યું છે. યુનિવર્સિટીના મુખ્ય એકાઉન્ટ વિભાગથી અલાયદી રહેતી આ સંસ્થાના માધ્યમથી પાંચ લાખથી વધુ રૂપિયા એડવાન્સ સ્વરૂપે સીધા જ ટ્રાવેલ કંપનીના ખાતામાં જમા કરાવી દેવામાં આવ્યા હતા.